В почвах края содержание пестицидов и тяжелых металлов в 1,5-2 раза выше, чем по России.
Случаи захоронения пестицидов в почву отмечались в Б-Истокском, Залесовском, Баевском и др. районах. Привели к загрязнению почвы поджоги складов, где хранились запрещенные пестициды в Алтайском, Угловском и Первомайском районах.
Из-за отсутствия специализированного полигона 1300 тонн запрещенных и пришедших в негодность пестицидов хранятся непосредственно на складах хозяйств, часть с 1990 г. помещена в металлические контейнеры, которые за 10 лет хранения подверглись коррозии.
В Алтайском крае накоплено 24,3 млн. тонн различных отходов, из них 15 млн. тонн за счет хвостохранилища бывшего рудника в г. Горняке, где закончена рекультивация старого хвостохранилища и ведется рекультивация нового.
Основными поставщиками токсичных отходов являются ОАО "Алттрак", ОАО "Автотракторное электрооборудование" г. Рубцовск, ФНПЦ "Алтай", ГУП БПО "Сибприбормаш", котельный завод г. Бийск, ОАО "Атайкокс", ЗАО "Транспортник" г. Заринск, ОАО "Алтайэнерго", автотранспортные предприятия, АО "Сибэнергомаш", ОАО "Геофизика" г. Барнаул.
На комбинате "Аврора" Российского агентства по государственным резервам, находящегося в жилой зоне, в 1966 - 1976 гг произведена закладка на хранение бериллиевого концентрата с повышенным содержанием естественных радионуклидов. В случае стихийного бедствия может произойти распространение концентрата по территории комбината и селитебной зоне.
По данным Центра ГСЭН, в Алтайском крае в 2001-02гг г 0,48% проб почвы не отвечали гигиеническим нормативам, из них повышенное содержание пестицидов отмечалось в 1% проб и в 0,36% проб - повышенное содержание тяжелых металлов, что в 1,5-2 раза выше, чем по Российской Федерации.
В 2000- 2002 годах санитарной службой в Алтайском крае было наложено 517 штрафов на сумму более 600 тысяч рублей, передано в следственные органы 28 дел, рассмотрено в административных инспекциях 2176 дел, вынесено постановлений о приостановлении эксплуатации объектов - 19, вынесено 318 предупреждений.
В крае проблему представляет то, что, по словам заместителя главы администрации края Якова Шойхета, нет специализированных складов, приспособленных помещений с соответствующими санитарными условиями хранения токсичных веществ. За нарушения правил ус тройства, оборудования, содержания запрещена эксплуатация 16 складов.