В 1999 году наблюдался рост всех основных показателей деятельности ОАО «Авиапредприятие «Алтай»

Согласно анализу объемов перевозок через аэропорты в 1999 г., проведенному Западно-Сибирским управлением воздушного транспорта, Барнаульский аэропорт занял лидирующие позиции среди аэропортов российской зоны. Так, в отличие от аэропорта Толмачево, где количество приемов и отправок воздушных судов, по сравнению с 1998 г, уменьшилось на 15%, а также портов Томска, Омска, Кемерово и Новокузнецка, прием и отправка в Барнаульском аэропорту увеличилась на 105,33%. Другим важнейшим показателем авиапредприятия "Алтай" можно считать то, что впервые, начиная с 1992 года, достигнут рост первоначальных отправок пассажиров из аэропорта Барнаул (20,56%). Это самый большой рост среди всех аэропортов Западно-Сибирского управления воздушного транспорта. Количество грузовых рейсов возросло почти вдвое. Генеральный директор ОАО "Авиапредприятия "Алтай" Иван Комаров добавил при этом, что "все это стало возможным, несмотря на полученную в наследство от прежнего Барнаульского госавиапредприятия старую техническую базу, которую мы еще только начали модернизировать".

В настоящее время на авиапредприятии продолжается работа по развитию сервисных услуг аэропорта: активно развивается сфера общественного питания, улучшаются условия в гостинице. В планах руководства предприятия – реализация 3 проектов создания центра сервисных услуг аэровокзала: бизнес сектора, зала сервисных агентств и компаний и зала регистраций. Целям активного развития аэропорта служит новая экономическая инициатива предприятия – создание на территории свободной экономической зоны "Алтай" в границах Барнаульского аэропорта. Это дает значительные льготы по налогам любым предприятиям, ставшим участниками СЭЗ.