В СЭЗ «Алтай» создан единый орган хозяйственного управления – «Алтайское государственное учреждение инвестиций».
На состоявшейся в декабре сессии Алтайского краевого Законодательного собрания в окончательном чтении были приняты поправки практически во все статьи закона в Алтайского края "О свободной экономической зоне "Алтай". Необходимость в этом, по мнению местных законодателей, связана в первую очередь с тем, что в РФ до настоящего времени нет надлежащей правовой базы для развития свободных экономических зон.
В частности, принята поправка, по которой СЭЗ "Алтай" будет осуществлять свою деятельность в виде локальных отдельных субзон: зон экспортного производства, таможенных зон экспортного и торгового типов, туристско-рекреационных и других зон. Государственное управление СЭЗ "Алтай" будет осуществлять администрация Алтайского края. В Зоне создается единый орган хозяйственного управления – администрация СЭЗ в виде краевого государственного учреждения "Алтайское государственное учреждение инвестиций", на которое возлагаются функции по разработке и реализации программ развития СЭЗ "Алтай", экспертизе предложений отечественных и иностранных инвесторов и подготовки нормативных документов, регламентирующих хозяйственную деятельность в СЭЗ "Алтай".
Большие изменения приняты и в стати закона, касающейся участников СЭЗ, в частности, некоторым увеличены сроки освобождения от налогов. Так, на 10 лет от краевых налогов, платежей и сборов в части, поступающей в краевой бюджет, освобождаются участники СЭЗ, деятельность которых связана со строительством и эксплуатацией объектов энергетики, средств связи, аэропортов, дорого, газопроводов, восстановлением экосистем, строительством объектов социальной инфраструктуры, производством стройматериалов, производством и переработкой промышленной и сельскохозяйственной продукции, строительством гостиниц и туристических комплексов, производством и внедрением ресурсосберегающих и безотходных технологий, переработкой лекарственного и технического сырья. Что же касается организаций, осуществляющих производственную деятельность и вкладывающих собственные и привлеченные средства в реализацию одобренных администрацией края конкретных инвестиционных проектов, налоговые льготы предоставляются до полной окупаемости вложенных средств, но не более расчетного срока окупаемости.